Les toilettes d'un avion fonctionnent très différemment des toilettes normales. Chaque cuvette de toilette a deux vannes. Une vanne d'eau et la vanne de chasse d'eau. La vanne d'eau fournit de l'eau du réservoir d'eau potable pour chasser les déchets des toilettes et la vanne de chasse draine les déchets. Lorsque le bouton de chasse d'eau dans les toilettes est enfoncé, l'unité de commande de chasse ouvre à la fois les vannes d'eau et de chasse, permettant à l'eau de s'écouler de la cuvette des toilettes dans un réservoir à déchets.

Au niveau du sol, la pression de chasse est assurée par un générateur de vide. Ce générateur est alimenté électriquement et est relié au réservoir de déchets via une canalisation. Chaque fois que le bouton de chasse d'eau est enfoncé, le générateur de vide se met en marche, créant un vide dans le réservoir à déchets, ce qui permet au contenu des déchets des toilettes de tomber dans le réservoir. Dans les airs et au-dessus d'une certaine altitude, la différence de pression entre la cabine et l'atmosphère est suffisante pour aspirer les déchets de la cuvette des toilettes dans le réservoir à déchets. Le générateur de vide n'est donc plus nécessaire.

Dans certains aéronefs plus anciens et plus petits, les toilettes sont du type à recirculation. Dans ce type de système de toilette, un réservoir de déchets n'existe pas. Au lieu de cela, un réservoir de rétention avec une solution de rinçage est utilisé. Ce liquide de rinçage contient des désinfectants qui donnent à l'eau une couleur bleue. Dans le réservoir de rétention, il y a une pompe et un filtre. Le service d'une toilette à recirculation est similaire à une toilette à vide. La seule différence est qu'une fois que le réservoir de rétention est vidé, il doit être rempli ou rechargé avec du nouveau liquide de rinçage car il a besoin de ce liquide pour le travail de rinçage.

Parfois, ces types de toilettes peuvent fuir. Cela se produit principalement en raison d'un mauvais entretien des toilettes ou de défaillances de composants. En vol, toute eau usée du système de toilettes peut geler, ce qui peut laisser une ligne de liquide de rinçage gelé sur le fuselage de l'avion. La solution congelée peut même tomber de l'avion. Comme si les toilettes étaient entretenues avec un désinfectant bleu, la glace formée peut être bleue. Ceci est parfois appelé glace bleue.